“王与马，共天下”。
318年，晋愍帝司马邺死于汉国的讣告传到建康。王导知道现在已经无家可回，于是他说服了堂兄王敦，与其他大臣共同劝进，四十三岁的司马睿终于正式登基为帝，改元太兴，是为晋元帝，东晋历史从此拉开帷幕。
元帝在政治上完全依靠王导，军事上完全依靠王敦，形成了“王与马，共天下”的政治格局，门阀政治模式自此形成。门阀政治也成为了中国历史上一种特殊的政治模式。
“王与马，共天下”。“王”，字面上指琅邪王氏，实际上泛指世家大族；“马”，字面上指皇族司马氏，也泛指东晋皇权。
北京大学教授田余庆先生对这种历史现象有深入研究。他在专著《东晋门阀政治》中对这种世家大族与皇权联合执政的格局做了专门论述。
司马睿在晋室诸王中既无威望，又无实力，更无功劳，如果不借助于门阀世族的扶持，根本没有在江左立足的余地。此外，他在司马皇室中并没有坚强的法统地位，与西晋武、惠、怀、愍的皇统疏而又疏。只有门阀世族的砝码，才能增加司马睿的政治分量。而当时众多世族名士纷纷渡江，恰好为司马睿提供了这种有分量的砝码。
司马睿固然需要南渡世族的支持，南渡世族也需要司马睿政权的保障。
门阀政治下的世家大族与皇权的关系，是一种互相支撑、互相依存的关系，这种关系的具体表现就是：皇权要向世家大族做出让步，世家大族在皇权需要时支持皇权。
特殊的政治模式为东晋一朝的各种政治矛盾埋下了伏笔。皇权的隐忍退让毕竟是暂时的，皇权与世家大族的矛盾凸显只是一个时间的问题。
司马睿没想到运气这么好，自己竟然真的做了东晋皇帝，这大大超出了他的预期。皇权至上的固有观念，使他的权力欲望开始膨胀。为了强化皇权，分化王导的家族势力，司马睿开始重用自己的亲信，任命刁协为尚书令，刘隗为侍中。
刁协是南渡避乱士人，对于皇权与贵族共治天下的政治模式尤为不满。刘隗也在西晋末期避乱渡江，在司马睿手下任从事中郎，劝元帝疏远王导，削夺王敦兵权。
当时的建康发生了一件极为奇怪的事情：负责督运粮草的督运令史淳于伯，因督运粮草不及时，被判处斩首。据说淳于伯被砍头以后，鲜血逆着柱子上流二丈三尺，然后又往下流了四尺五寸。一时百姓喧哗，全都说淳于伯死得冤枉。刘隗上疏批评从事中郎周莚、法曹参军刘胤制造冤案。刘隗的这次上疏直指时任宰相的王导。刘隗上疏后，王导立即上疏引咎，请求给予自己罢官处分。
东晋建立以后，晋元帝司马睿基本上是个傀儡。朝廷大权被王导、王敦兄弟操控。尤其是王敦，他在上游控制着东晋最强大的一支军队。司马睿后来不甘心做傀儡，他想削弱王氏的权势，为了对付王敦，他当时就利用刁协、刘隗这些心腹。
司马睿抑制琅邪王氏的举措触怒了世家大族，永昌元年（322年），镇守荆州的王敦起兵，以诛除刁协、刘隗为名，兵锋直指京城建康。司马睿令刁协督统六军进行抵抗，但被王敦军打败。刘隗逃到北方投奔石勒，刁协在逃亡途中被杀。元帝司马睿只好派遣使者前来讲和。这次皇权与世家大族的较量，以琅邪王氏胜利告终。
这个时候王氏的势力受到打压。司马睿想通过压制王氏的势力来压制世家大族的势力，最终实现自己独大。所以王敦起兵，不但得到了王导的支持，也得到了其他世家大族的支持。
东晋王朝的矛盾，总是一波未平，一波又起。随着皇权的退让，世家大族觊觎皇位、问鼎天下之心又开始潜滋暗长。
随着军事实力的增强、名望的显著，王敦的权力欲望也开始膨胀。元帝司马睿死后，明帝司马绍继位，王敦更是放肆妄为，他剑履上殿，入朝不趋，甚至对皇帝的使者也爱理不理。王敦自以为有足够的力量取代司马氏。明帝司马绍太宁二年（324年），王敦再次密谋起兵，欲取代司马绍做皇帝。这又是一次企图打破皇权与世家大族力量均衡的行为，只不过挑起者是与司马氏共天下的琅邪王氏。然而这一次，王导选择了站在皇权一侧，成功地化解了这次危机。
中国社会科学院历史研究所研究员梁满仓
王敦是一个比王导有野心的人物，是一个雄心勃勃的人物。他在起兵时，打着“清君侧”的名义，实际上是对于司马氏打压王家势力的一种反抗。但是清了君侧以后，就是要清君了，这就会破坏原来司马氏家族跟整个过江世族和江东世族之间的联盟关系。司马氏家族在当时是有法统名分的，王家要取而代之,江东世族同意吗？其他过江世族同意吗？王导就是因为对此有清醒的判断，所以他反对王敦的举动。
此后的世家大族，一直延续着东晋初年门阀政治的游戏规则。不过，门阀政治的平衡总是相对的。世家大族对权力的垄断本性，决定了总会有野心家要设法打破这种平衡。
荆州地势险要、易守难攻。东晋偏安江左一隅，沿江多为要地，上游的荆州与下游的扬州尤为重镇，所谓“江左大镇，莫过荆、扬”。
东晋百年之中，司马氏皇权始终不振，内外大权俱操之于世家大族之手，王氏家族之后，政权分别为庾氏家族和桓氏家族把持，所以荆、扬二州始终为王、庾、桓、谢四大家族控制。
东晋权臣篡位皆起兵于荆州，正是因为这种特殊的地理形势。
门阀政治下皇权与世族共治的平衡，一旦遭遇权臣的野心就会被轻易打破。
晋穆帝永和年间，又一个世家大族人物桓温，由于权力迅速膨胀，萌生了打破皇权与世家大族势力均衡的企图。
晋穆帝永和元年（345年），荆州刺史庾翼病死，桓温接替了庾翼的位置，出任都督荆梁四州诸军事、荆州刺史。
桓温出任荆州刺史后，立即展示出他的军事雄才。晋穆帝永和二年（346年）冬，桓温率兵沿长江而上，讨伐建立在四川的李势成汉政权。桓温军势如破竹，很快攻至成都，李势战败投降，成汉灭亡。此次大胜，使桓温的威望极大提高。
桓温是一个极为出色的士大夫，同时也是一个雄心勃勃的士大夫，他想要改变这种现象。当然，到了东晋后期，加强皇权，建立一个比较有力的政权也正在进行。桓温就是在这个过程当中出现的。他的家族根基不错，他自己也才华过人，拉拢了一大群人，慢慢地就掌握了越来越大的权力。身边的谋士也很出色，他通过北伐，不断地扩大自己的政治影响，不断集中各种政治资源。有一句名言：“如果不能流芳百世，还不能遗臭万年吗！”这句话反映了他要做一件对后世产生巨大影响的大事的心态，他不管人们对这件事的评价好坏。野心犹如一粒种子，在权力和威望的催生下开始生根发芽，桓温谋权篡位的野心不断膨胀着。
为了夺取东晋帝位，桓温希望借助北伐来进一步提高自己的人气。
晋穆帝永和十年（354年），桓温初次北伐，率步骑四万，从江陵出发，经襄阳、淅川进入关中，在峣柳打败前秦军队，一直打到长安东南的霸上。后因军粮不继撤兵。
晋穆帝永和十二年（356年），桓温二次北伐，在伊水之北打败羌人酋长姚襄的军队，并收复了洛阳，使洛阳又控制在东晋手中将近十年。
桓温北伐的成功，使他的地位迅速上升，此时他的职务已经升任到大司马，都督中外诸军事，扬州牧兼徐、兖二州刺史。与此同时，他取代司马氏称帝的意图也越来越明显。当时在位的是废帝司马奕，面对桓温咄咄逼人的气势，他甚至找到算命先生扈谦，让他为东晋的前途占卜。这说明皇帝已经明显感到了桓温对皇权的威胁。
为了给自己登上帝位增加最后的砝码，桓温决定第三次北伐，攻打前燕，以便再次提高自己的威望。可是这次的结果出乎他的意料，废帝太和四年（369年），桓温率步骑五万北伐，打到了离前燕都城邺城（今河北临漳一带）只有二百里的枋头，由于侧翼配合的晋军遇到了前燕军的顽强抵抗，桓温军成了孤军深入的态势。此时晋军的军粮已经消耗得差不多了，桓温只得下令撤退，在襄邑（今河南睢县）又遭到前燕军队的伏击，一下子损失三万多人。
明人绘《东山携妓图》。描绘谢安未出山时隐居东山，放情山水，以声色自娱的情景。
桓温北伐失败，威望大跌。为了加快取代司马氏的步伐，他干脆放弃了先增加威望后登帝位的打算。371年，桓温废掉了皇帝司马奕，另立司马昱为帝，是为简文帝。司马昱是司马睿最小的儿子，史载他无济世大略，只会清谈。桓温凭借手中权力，加上屡建大功和对皇帝的一废一立，一时威震朝廷内外。司马昱虽然有皇帝的名号，却整天提心吊胆，生怕自己有朝一日像司马奕一样被桓温废掉。
桓温篡权的阴谋如果得逞，东晋政权将会在内耗中倒塌。
