事实上，要分辨伦理判断与事实声明并不总是那么容易。宗教有种麻烦的倾向，即喜欢将事实声明转化为伦理判断，使得原本应该很简单的争议变得混乱而模糊。例如，原本只该是事实声明的“《圣经》由上帝所著”就常常变为道德命令：“你应该相信《圣经》是由上帝所著”。于是，只相信某项事实声明就成了美德，而怀疑这项声明则成了罪过。
同时，伦理判断之中却又往往隐藏着事实声明，支持者不会特别去提，因为他们认为这早已是不证自明的事实。于是，像“人命神圣”这种伦理判断（无法用科学测试），里面就可能包含着“每个人都拥有永恒的灵魂”这种事实声明（而这是可以用科学来争论的）。同样，美国民族主义者宣称“美国民族是神圣的”，这种看似属于伦理判断的说法，实际上仍是以某些事实声明为基础，例如“在过去几个世纪，美国引领着大多数的道德进步、科学进步和经济进步”。虽然我们不可能用科学来检验究竟美国民族是否神圣，但只要拆解一下这个论题，我们就能用科学来检验美国带来的道德进步、科学进步和经济进步是否确实高于正常比例。
正因为人类的价值观里永远都藏着一些事实声明，也就让萨姆·哈里斯（Sam Harris）等哲学家认为，科学能够解开一切的道德困境。哈里斯认为，所有人的终极价值都是相同的——将痛苦最小化、快乐最大化，因此，所有的伦理争论都是关于“如何将快乐最大化”的事实论证。6宗教激进主义者想上天堂，是为了快乐；自由主义者想增加人类自由，是因为这样能得到最大的快乐；德国民族主义者也认为，如果让柏林控制整个世界，每个人都会更快乐。哈里斯认为，宗教激进主义者、自由主义者和民族主义者之间并没有伦理上的争议，只是对于如何达到共同的目标而彼此出现了在事实上的意见不合。
然而，就算哈里斯说得没错，即所有人都重视快乐，实际上也很难用这种观点来平息伦理争议，特别是“快乐”根本没有科学上的定义或测量方法。让我们再次以三峡大坝为例。就算我们同意，这项计划的终极目标是让世界成为一个更快乐的地方，该怎么才能判断“制造出廉价电力”会比“保护传统生活方式”或“拯救稀有的白鳍豚”更有益于全球的快乐呢？只要我们还无法真正理解这种意识，就无法为快乐和痛苦制定出通用的度量标准，也就无法比较不同人之间的快乐和痛苦，更不用说跨物种的情况了。十多亿中国人享有更廉价的电力时，会产生多少单位的快乐？整个白鳍豚物种灭绝时，又会产生多少单位的痛苦？再回归到根本，难道快乐和痛苦真的是个可以用数学相加或相减的实体吗？吃冰激凌很愉悦，找到真爱更令人愉悦，但难道只要有足够的冰激凌，累积起来的快乐就能等于找到真爱的快乐吗？
因此，虽然科学在伦理争论方面能发挥的作用比一般想象的要多，但仍是有限的，至少目前如此。如果没有一些宗教元素作为引导，就不可能维持大规模的社会秩序，就算是大学和实验室也需要一点宗教的支持。宗教能为科学研究提供伦理上的理由，也因此能够影响科学研究的议题以及科学发现的使用方式。因此，想要真正理解科学的历史，就不能不谈宗教信仰。科学家很少会谈这一事实，但科学革命的背景也正产生于史上最教条武断、最褊狭，也最具宗教色彩的社会。
