我们已经更加了解宗教的概念，现在可以回头来审视宗教和科学之间的关系。对于二者的关系，有两种极端的观点。第一种观点认为科学和宗教誓不两立，而现代历史就是科学知识与宗教迷信的斗争史。随着时间的推移，科学的光明驱散了宗教的黑暗，世界越来越世俗、理性和繁荣。然而，虽然某些科学发现肯定侵蚀了宗教的教义，但两者却非必然对立。比如，穆斯林认为伊斯兰教是由先知穆罕默德于公元7世纪在阿拉伯创立，而这点就有充分的科学证据可以证明。
更重要的是，科学如果想要打造出可行的人类制度，必然需要宗教协助。虽然科学家能够研究世界如何运转，但却没有科学方法告诉我们人类该做些什么。科学告诉我们，人类没有氧气就无法生存，然而，我们是否能用窒息来处死罪犯呢？能够回答这种问题的并非科学，唯有宗教。
因此，科学家的实用研究仍有赖于宗教见解。比如中国的长江三峡大坝，政府在1992年决定建造大坝时，物理学家可以计算出大坝必须承受多少压力，经济学家可以预测出大坝可能需要多少成本，而电机工程师可以预测出大坝能发多少电量。但政府得考虑的不只这些。三峡大坝蓄水后，将淹没陆地面积超过600平方公里，其中包括许多城镇村庄、数千处考古遗迹，以及独特的风景和动物栖息地。超过百万人迁离，数百种物种生命受到威胁。看起来，大坝是白鳍豚灭绝的直接原因。不论你个人对三峡大坝有何看法，显然建不建大坝都会是个伦理问题，而非纯粹的科学问题。不论任何物理实验、经济模型或数学方程式，都无法确定究竟是发出几兆瓦的电、赚进几十亿元人民币比较有价值，还是保住某座古塔或白鳍豚比较有价值。因此，中国政府无法单靠科学理论的基础来运作，还得需要一些传统价值观或意识形态才行。
但也有些人一下子就跳到另一个极端，即认为科学和宗教就是两个完全分开的国度。科学就是研究事实，宗教就是讨论价值观，两者井水不犯河水、老死不相往来。宗教对科学事实不予置喙，科学对宗教信仰也该沉默是金。如果宗教相信人命神圣，因此堕胎是罪，生物学家对此既不能证明，也不该驳斥。私底下，每个生物学家都欢迎与教皇辩论；但作为科学家，生物学家却不该加入战局。
这种方法可能听起来合理，但对宗教仍有曲解。虽然科学确实只管事实，但宗教却并非只管要判断。宗教想发挥任何实际的引导作用，就要提出一些事实上的要求，这时候就可能和科学有所冲突。许多宗教教条最重要的部分并不在于其伦理原则，而在于其事实的主张声明，比如，“上帝确实存在”“灵魂会因为犯下的罪而在死后受罚”“《圣经》是由神所著，而非由人所著”“教皇永远是对的”。这些都是关于事实的主张声明。许多激烈的宗教辩论，或是科学和宗教之间的冲突，都是源于这种关于事实的主张声明，而不是来自伦理判断。
让我们以堕胎为例。虔诚的基督徒常常反对堕胎，而许多自由主义者则拥护堕胎权，双方主要的争议点其实在于事实，而非伦理。不论基督徒还是自由主义者，都认同人命神圣，谋杀是一种可憎的罪行。但他们对某些生物学事实有不同意见：究竟人命是始于受孕那一刻、出生那一刻，还是两者之间的某一刻？事实上，有些文化甚至认为，就算到了出生那一刻，生命也还没真正开始。比如卡拉哈里沙漠（Kalahari Desert）的库恩人（!Kung）和北极的因纽特人（Inuit），都认为人命始于婴儿得到名字之后。婴儿出生时，家族会先等待一段时间，如果决定不留下他（可能因为肢体畸形，或因为经济困难），家族就会把他杀掉。这时只要还没有举行命名仪式，就不算是谋杀。3这些文化的人群可能也和自由主义者或基督徒一样认为人命神圣、谋杀是种可憎的罪行，却能允许杀婴。
宗教的自我宣传往往只强调它们美好的价值观，只不过，上帝却往往藏在那些用小字印制的事实声明之中。比如天主教，总宣扬自己是博爱和同情的宗教，这不是太好了吗？谁能反对这些事呢？既然如此，为什么现在不是全人类都是天主教徒？因为如果真的去读那些小字，你才会发现天主教同时也要求你盲从某个“永远不会犯错”的教皇，就算他曾经号令信众发动十字军东征、把异教徒绑在木桩上活活烧死时也不例外。这些具体的指示，并不只是来自伦理判断，而是来自伦理判断与事实声明的结合。
当我们从缥缈的哲学领域回归历史现实时，会观察到宗教故事几乎总是包括三个部分：
1.伦理判断，例如，“人命神圣”。
2.事实声明，例如，“人命始于受孕那一刻”。
3.伦理判断与事实声明相结合，给出具体的指示，例如，“就算受孕才刚一天，也不得堕胎”。
对于宗教的伦理判断，科学无法加以反驳或证实；但对于宗教的事实声明，科学家就大有意见了。只要是事实的问题，例如“在受孕一周后，人类胎儿是否已有神经系统、是否已有痛觉”，生物学家就远比牧师有资格回答。
为了解释得更清楚，让我们深入研究一个真实的历史案例。宗教自吹自擂的时候对这个案子绝口不提，但这件事却对社会和政治产生了无与伦比的影响。在中世纪欧洲，教皇的政治权力无远弗届。不管在欧洲何处，只要发生冲突，他们都会声称自己有裁决权。为了巩固自己的权力主张，历任教皇都曾一再提到《君士坦丁赠礼》（Donation of Constantine）。根据这个故事，罗马皇帝君士坦丁在公元315年3月30日签署一份谕令，授权教皇西尔维斯特一世（Sylvester I）和后继者永远控制罗马帝国西部领土。历任教皇将这份珍贵的文件留存下来，每当有雄心勃勃的君主、喜争好斗的市民，或是桀骜不驯的农民起身反抗时，教皇就会拿这份文件作为强大的宣传工具。
中世纪欧洲民众十分尊重流传久远的帝国法令，他们认为文件历史越久远，就承载着越多的权力。他们也坚信，国王和帝王都代表上帝，而由于君士坦丁让罗马帝国从异教领土变成了基督教帝国，因而备受尊崇。如果现在市议会想做的事与伟大的君士坦丁本人所下的谕令有所冲突，对中世纪欧洲人来说，显然就该服从古代的文件。于是，每当教皇碰上政治上的抗争，他总是高举《君士坦丁赠礼》，要求对方服从。虽然也不是每次都管用，但是《君士坦丁赠礼》仍然是教皇宣传和中世纪政治秩序的重要基石。
如果仔细研究《君士坦丁赠礼》，会发现这个故事是由三个不同的部分组成的：
表1 《君士坦丁赠礼》的内容组成部分
古代帝王谕令的道德权威绝对不是什么理所当然的事，大多数21世纪的欧洲人都会认为，现代公民的期许当然要比那些早已作古的大帝下达的谕令重要。但这种事情没办法用实验或方程式来确认，因此科学根本无法加入这场道德辩论。就算有个现代的科学家时光倒转700年回到中世纪，他也无法向当时的欧洲人证明，为何不该用古代帝王谕令来解决当代的政治争端。
然而，《君士坦丁赠礼》的故事基础不是只有伦理判断，还有非常具体的事实声明，而科学非常有资格为之证实或证伪。1441年，天主教神父兼语言学先驱的洛伦佐·瓦拉（Lorenzo Valla）发表了一项科学研究，证明《君士坦丁赠礼》实为伪造。瓦拉分析了这份文件的风格、文法以及所用词语和词组，证明有些词语在公元4世纪的拉丁文里根本还没有出现，很有可能是在君士坦丁大帝死后约400年才伪造出来的。此外，文件注明：“3月30日，君士坦丁第四次担任执政官，加利卡努斯（Gallicanus）首次担任执政官。”在罗马帝国，每年选出两位执政官，文件以执政官的任期作为年代标记也是惯例。但糟糕的是，君士坦丁第四次担任执政官是在公元315年，而加利卡努斯在公元317年才首次担任执政官。如果这份这么了不起的文件确实是在君士坦丁的时代写成，绝不可能有如此离谱夸张的错误。这就等于美国国父杰斐逊等人把美国《独立宣言》的日期写成“1776年7月34日”一样不可思议。
今天所有的历史学家都同意，《君士坦丁赠礼》是在大约公元8世纪的时候，在古罗马教廷伪造而成。虽然瓦拉从未质疑这份古代帝王谕令的道德权威，但他的科学分析确实影响了这份谕令的具体指示，也就是欧洲人应该服从教皇的谕令。4
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2013年12月20日，乌干达议会通过《反同性恋法》，认定同性恋活动属于刑事犯罪，某些行为可能被重判到无期徒刑。整件事情得到基督教福音教派的推动和支持，他们认为上帝禁止同性恋行为。作为证据，他们引用了《利未记》18:22（“不可与男人苟合，像与女人一样，这本是可憎恶的”）及《利未记》20:13（“人若与男人苟合，像与女人一样，他们二人行了可憎的事，总要把他们治死，罪要归到他们身上”）。在过去几个世纪里，同一个宗教故事造成了全世界数百万人受苦受难。这个故事也可以简单整理如下：
表2 《利未记》中故事的内容组成部分
这个故事是真的吗？关于“人类该服从上帝”这个伦理判断，科学家无从置喙。就个人来说，谁都可以有自己的想法。你可能认为人权比神权更重要，所以如果上帝命令我们侵犯人权，我们就不该听上帝的话；然而，没有任何科学实验能够判断这个问题孰是孰非。
而对于这里的事实声明，也就是要说在3000年前，宇宙的创造者命令智人不得从事男男行为，科学就有许多意见了。毕竟，我们怎么知道这个主张声明是真的？参阅相关文献会发现，虽然这项声明在书籍、文章和网站中数百万次地出现过，但一切都指向一个源头——《圣经》。因此，科学家就会问，究竟《圣经》是谁写的？在什么时候写的？请注意，这是一个事实问题，而非价值问题。虔诚的犹太教徒和基督徒声称，至少《利未记》是上帝在西奈山吩咐摩西写的，而且从那一刻开始，从未有一字增减。科学家又会继续追问：“但我们怎么能确定？”毕竟，就连教皇都曾经说《君士坦丁赠礼》是君士坦丁自己在公元4世纪写的，但事实上却是在400年后教皇的手下伪造的。
我们现在已经有大量科学方法来找出是谁、在何时写成的《圣经》。相关科学研究已经进行了一个多世纪，如果对这些发现有兴趣，有许多文献可供参考。归纳这些结论可以发现，多数经过同行评议的科学研究都一致认为，《圣经》是许多不同文本的集合，而这些文本则是由许多不同的人类作家、在他们声称所描述的事件过了几百年之后写成的，即《圣经》时代过了许久，这些文本才终于集结成一本宗教经典。举例来说，虽然大卫王的时代应该是在公元前1000年左右，但一般认定《申命记》是在大约公元前620年、在犹大王约西亚（Josiah）的宫廷写成，并将其作为加强约西亚权威的宣传活动。《利未记》的成书年代甚至还要更晚，绝不早于公元前500年。
至于说古代的犹太人很小心地保存了《圣经》文本、绝不增删任何一字，科学家也指出了破绽：《圣经》时代的犹太教根本不是以经文为基础的宗教。相反，当时的犹太教正如许多中东的邻近宗教一样，是典型的铁器时代异教，既没有犹太会堂、犹太初等学校，也没有拉比，甚至连犹太经典都没有。当时拥有的是繁复的圣殿仪式，多半就是将动物献祭给一位善妒的天神，希望他保佑人民，并赐予每季雨水和战争的胜利。此时的宗教精英是来自祭司家族，只谈出身，不论智力。祭司多半是文盲，忙着处理圣殿仪式，无暇书写或研读任何经文。
在第二圣殿（Second Temple）时期，另一批对立的宗教精英逐渐形成。他们部分受到波斯和希腊的影响，撰写和诠释文本的犹太学者地位越来越高，最终成为我们所知的“拉比”，而他们编纂的文本也成了《圣经》。至于拉比能享有何种权威，则是出于个人的智力，而非出身。这些新的文人精英和旧有的祭司家族之间的冲突已无可避免。拉比的幸运之处在于，罗马人为了镇压犹太起议（Great Jewish Revolt），于公元70年一把火烧毁了耶路撒冷及圣殿。圣殿成了残垣断壁，祭司家族霎时失去了宗教权威与经济权力基础，甚至失去了存在的理由。以犹太教圣殿、祭司和英勇战士为特点的传统犹太教，从此消失于历史；取而代之的是个以书籍、拉比和吹毛求疪的学者为特点的新犹太教。学者的强项在于诠释，而运用这种能力，他们不仅能解释为何全能的上帝允许自己的圣殿被毁灭，还能说出一套道理，解释为何《圣经》故事里的旧犹太教与当时的犹太教大不相同。5
因此，从目前最科学的证据来看，《利未记》里反对同性恋的看法，反映的不过只是古代耶路撒冷几个祭司和学者的偏见。虽然科学无法判断人类究竟是否应该服从上帝的旨意，但对于《圣经》的源头就有许多话可说。如果乌干达的政客认为，只要两个男人在一起找了些乐子，创造出宇宙、银河和黑洞的那股力量就会因此震怒，这时科学就能派上用场，驳斥这个实在没道理的念头。
