对科学和宗教的误解，多半是由于对宗教的错误定义。人们常常误以为宗教就是迷信、灵性以及对超自然力量或神的信仰。但宗教并不是这些概念。宗教并不等于迷信，因为大多数人都不可能把自己最相信的事称为迷信。自己相信的，一定是“真理”；只有别人相信的，才会是“迷信”。
同样，也很少有人认为自己信仰的是超自然力量。那些相信魔鬼、神灵、精灵的人绝不会认为这些是“超自然”，而会认为这些都是自然的一部分，与豪猪、蝎子和细菌并没有两样。比如疾病，现代医生将之归咎于看不见的细菌，伏都教巫师则将之归咎于看不见的神灵。这其中没有任何超自然的力量：如果你让某个神灵生气了，它就会进到你的身体里，让你痛苦万分，这岂不是再自然不过？只有不相信神灵的人，才会觉得这些事情超出自然的秩序。
如果说宗教就是信仰超自然的力量，等于认为自己可以不靠宗教就能够了解所有的自然现象，而宗教只是一个可选择的补充，即在完全了解自然的全貌之后，还能选择要不要再另外加点宗教的“超自然”教条。但大多数宗教都认为，如果没有宗教，你根本不可能了解世界；不懂这些教条，你就不可能了解疾病、旱灾或地震的真正原因。
另外，把宗教等同于对神的信仰也有问题。我们常常会说，某个虔诚的基督徒是信仰宗教的，因为他信仰神（上帝）。然而，宗教由人创立，而非由神所创；宗教的定义应该在于其社会功能，而不在于神是否存在。任何无所不包的故事，只要能够为人类的法律、规范和价值观赋予高于一般人的合法性，就应该算是宗教。宗教能够为人类社会结构找的理由，就是这些结构反映了高于一般人的法则。
宗教认为，人类受制于某种道德法则系统，这个系统并非由人所创，也并非人所能改变。于是，虔诚的犹太人会说，这个道德法则系统就是由上帝所创，并体现在《圣经》之中。虔诚的印度教徒则会说，这些法则是由梵天（Brahma）、毗湿奴（Vishnu）和湿婆（Shiva）所创，体现在《吠陀经》中。从佛教、道教到纳粹主义和自由主义，也会说自己那套高于一般人的法则都源于自然法则，而不是由神所创。当然，每个宗教都信奉着各自不同的自然法则，由不同的先知所揭示，从佛陀、老子再到希特勒，各显神通。
一个犹太男孩来到爸爸面前，问道：“爸爸，为什么我们不能吃猪肉啊？”爸爸若有所思地摸着又长又卷的胡子，回答道：“孩子啊，世界本来就是这样。你还小，还不懂，如果我们吃猪肉，上帝会惩罚我们，我们最后不会有好下场。这不是我说的，也不是拉比说的。如果是拉比创造了这个世界，或许他就会创造一个让猪肉也符合犹太戒律的世界。可是创造这个世界的不是拉比，而是上帝。虽然我不知道为什么，但上帝说了，我们不该吃猪肉，所以我们就该听话，懂了吗？”
1943年，一个德国男孩来到爸爸面前，那是一位资深的盖世太保，男孩问：“爸爸，我们为什么要杀犹太人呢？”这位爸爸穿着发亮的皮靴，解释道：“孩子啊，世界本来就是这样。你还小，还不懂，如果我们允许犹太人活下去，他们就会造成人类退化、灭绝。这不是我说的，也不是元首说的。如果是希特勒创造了这个世界，或许他就会创造一个没有自然选择法则的世界，让犹太人和雅利安人能够和谐共处。可是创造这个世界的不是希特勒，他只是设法找出了自然的法则，然后告诉我们该怎样遵照这一自然法则来生活。如果不服从这一法则，最后我们不会有好下场，懂了吗？”
2016年，一个英国男孩也跑去找爸爸，他是一位自由民主党的议会议员，男孩问：“爸爸，为什么我们要管中东那些穆斯林的人权啊？”这位爸爸放下手中的茶杯，想了一下，回答道：“孩子啊，世界本来就是这样。你还小，还不懂，但所有人，甚至包括中东的穆斯林，其实本质都相同，都该享有一样的自然权利。这不是我说的，甚至也不是议会说的。如果是议会创造了这个世界，或许在所有那些量子物理以外，也会有个小组委员会，让全世界的人都有人权。可是创造这个世界的不是议会，议会只是想让一切都很合乎情理，我们必须尊重这件事，就算中东的穆斯林也该拥有自然权利，否则我们自己的权利很快也会遭到侵犯，最后不会有好下场，懂了吗？”
自由主义者或其他现代信仰的追随者并不喜欢自己相信的系统被称为宗教，原因就在于他们总觉得宗教就是迷信以及对超自然力量的信仰。如果你说他们是宗教信徒，他们可能会觉得你在指责他们盲目地做着白日梦。但事实上，这种说法只意味着他们相信某些道德法则系统，认为这些法则虽然不是人类发明的，但人类仍然需要遵守。据我们所知，所有人类社会都有此类信仰。每个社会都会告诉其成员，他们必须服从一些高于一般人的道德法则；而如果违反这些法则，就会导致灾难。
当然，不同的宗教有不同的故事细节、不同的训诫以及不同的奖惩。比如在中世纪欧洲，天主教教会就认为上帝不喜欢富人。耶稣曾说，骆驼穿过针眼，比财主通过天堂之门还容易。而为了让富人也能进入天堂之门，教会鼓励他们要多多奉献，并威胁他们，否则就等着在地狱里被烧死。
共产主义所说的历史规律其实就像基督教里上帝的训诫，都代表着高于一般人的力量，并无法通过人类意志而改变。人类可以决定第二天上午的足球赛不用考虑越位规则，因为是人类发明了那条规则，自然也就能够任意改变。但至少就马克思看来，历史规律并非人力所能改变。不管资本家做什么，只要他们继续累积私人财富，就必然造成阶级冲突，也就注定会被无产阶级站起来推翻。
如果你碰巧是个共产主义者，可能会认为共产主义和基督教当然大不相同，因为共产主义是对的，而基督教是错的。资本主义制度本身就带有阶级冲突，但是富人可不会在死后落入地狱、遭受永恒的折磨。但即使如此，也不代表共产主义就不是一种宗教，它可以被视为一种宗教。不论任何宗教的追随者，都相信只有自己的宗教才是真实的。而或许，真有一种宗教是对的？
