2012年的盖洛普调查显示，只有15%的美国人认为智人进化全靠自然选择，并无神的介入；32%认为，人类可能是经过持续几百万年的过程，才从早期生命形式进化成现在的模样，但这一切正是上帝的精心安排；46%则认为，正如《圣经》所言，人是由上帝在过去大约1万年间创造的。就算大学读了三年，也完全不会影响这些看法。同一项调查发现，大学毕业生中，46%相信《圣经》里上帝创造万物的故事，只有14%认为人类进化没有神的监督。就算是硕士和博士毕业生，还是有25%的人相信《圣经》，只有29%相信人类是单纯经过自然选择进化而成。1
显然，目前学校对于进化的教学成效已经够差了，但还有宗教狂热分子坚持认为根本不该教孩子进化论，或声称应该引入其他观点，比如智能设计论，也就是认为所有的生物都是由某种更高的智能（也称为“上帝”）设计的。狂热分子说：“两种理论都教，再让孩子自己决定。”
为什么进化论引起如此强烈的反弹，但讲到相对论、量子力学，却似乎一片静悄悄？为什么讲到物质、能量、空间和时间的理论时，不会有政客要求该教“其他观点”？毕竟第一眼看来，和爱因斯坦的相对论或沃纳·海森堡的量子力学相比，达尔文的概念实在没什么可怕的。进化论的基础就是物竞天择、适者生存，这些道理再简单明了不过，甚至可以说有点单调。但相较之下，相对论和量子力学认为人可以扭曲时空、无中生有，某只猫可以同时既是死的也是活的，这简直是在嘲弄我们的一般常识，却没有人站起来说要保护无辜的学童，让他们不要接触这些可笑的想法。究竟为什么？
相对论不会让什么人生气，是因为它并不抵触我们宝贵的信仰。空间和时间究竟是绝对的还是相对的，大多数人压根儿就不在乎。如果你说空间和时间可以弯曲，好啊，请自便。弯就弯吧，关我什么事呢？但相较之下，达尔文却会让我们失去灵魂。如果真去理解进化论，就会发现没有灵魂这件事，而这个想法不只会惊吓到虔诚的基督徒或穆斯林，还会吓到许多一般人。虽然他们不见得有任何明确的宗教信仰，但仍希望每个人都有个一生不变的个人本质，甚至在死后也能保存完好。
从字面来看，英文的“individual”（个体、个人）指的就是无法（in-）再分割（divide）的东西。于是，说自己是个“in-dividual”，也就是说我是个完整的个体，而不是由几个独立部分形成的集合。据说这种不可分割的本质就算随着时间过去，也能不增不减、保持原样。我的身体和大脑会不断变化，比如神经元会放电、激素会分泌、肌肉会收缩；我的性格、期望和关系从来不会静止不变，几年或几十年后很有可能完全不同。然而，在一切的最深处，我从出生到死亡都是同一个人，而且我希望能超越死亡。
不幸的是，进化论并不认为有什么不可分割、不会改变、所谓永恒的自我本质。根据进化论的看法，所有的生物——从大象和橡树，到细胞和DNA分子——都是由更小、更简单的单位组成的，会不断结合和分裂。大象和细胞之所以会不断进化，正是因为不断有着新的结合和分裂。无法分割或改变的东西，就不可能通过自然选择而出现。
以人眼为例。人眼就是由许多小的部分组成的复杂系统，包括水晶体、角膜和视网膜等。眼睛可不是横空出世，一现身就备齐了所有部分，而是经过几百万年一小步一小步的进化，才成了现在的样子。与距今约100万年前的直立人相比，我们的眼睛和他们的眼睛还是非常相似；与距今约500万年前的南方古猿相比，相似的地方就已经少了一点；再与1.5亿年前的史前爬虫类相比，已经是天差地别；而与亿万年前地球上的单细胞生物相比，看来已是毫无相似之处。
然而，就算是单细胞生物，其实也有微小的细胞器，能让微生物辨别明暗，向光或背光移动。从这种最原始的传感器进化成现在的人眼，整个过程曲折而漫长，但如果你也有几亿年的时间，当然就能一步一步走完。而要能做到这件事，正是因为眼睛由许多不同的部分组成。只要每隔几代，在某个部分有了一点小小的变化（比如角膜曲度大了一点），经过几百万代，就可能进化出人眼来。如果眼睛就是一个完整的实体，无法分成多个部分，就绝不可能通过自然选择进化成现在的样子。
正因为如此，如果说灵魂是不可分割、永恒不变的，那么进化论无法接受灵魂的概念。一步一步的进化，不可能形成这种实体。自然选择之所以能够形成人类的眼睛，正是因为眼睛可以分成不同部分。然而，灵魂却不能再分出部分。如果说智人的灵魂是从直立人的灵魂一步一步进化而来，到底有哪些步骤？智人的灵魂有哪些部分比直立人的灵魂更发达？然而，灵魂却没办法再分出部分。
可能有人会说，人类的灵魂就不是进化来的，而是在某一天突然出现的，而且完整无缺。可是，这一天究竟是哪一天？我们仔细审视人类的进化历程，却怎么找都找不出这一天。从古至今的所有人类，都是男性精子使女性卵子受精的结果。让我们想象一下，第一个有灵魂的婴儿会是怎样的。这个婴儿可能很像父母，只不过小孩有灵魂，但父母没有。确实，生物学绝对可以解释小孩角膜曲度比父母大一点的情形，只要有某个基因出现一点点突变就有可能；但要说父母一丝一毫的灵魂都没有，小孩身上却出现了永恒的灵魂，这就不是生物学说得通的事了。难道一次突变（甚至说多次突变也无妨）就足以让某种动物有了一种足以抵抗一切改变，甚至能够超越死亡的本质？
正因为如此，进化论无法解释灵魂的存在。进化就是变化，进化无法产生永恒不变的实体。从进化角度来看，我们最接近人类本质的就是我们的DNA，但DNA分子承载的绝非永恒，而是突变。但这让很多人害怕，宁可不信进化论，也不想放弃自己的灵魂。
